Meryem Kilisesi (Konsül Kilisesi), liman hamamlarının kuzeyindedir. Esas girişi Efes’in Selçuk-Kuşadası yolu yönündeki Koressos Kapısındadır. Hıristiyanlık tarihi önemi olan kilise, Meryemana adına yapılmış ilk kilisedir. Bunun yanında önemli olan diğer bir yönü de, günümüzdeki Hıristiyanlığın ana hatlarının belirlendiği 431 yılı Konsül toplantısının yapıldığı yer olmasıdır.

Yapı M.S. 2.y.y.’da 260 m. uzunluğunda ve 30 m. genişliğinde Museion olarak yapılmıştır. Museionda yüksek eğitim, tıp ve diğer bilimler okunur, tartışmalar yapılırdı. Ayrıca Efes’te önemli görevleri olan çeşitli rahipler, burada ihtisaslarını yapmışlardır.