İlk olarak 1929 yılında Selçuk’ta bir depo oluşturulmuş, kazılarda bulunan ve çevreden toplanan eserler buraya getirilmiştir. 1964 yılında bugünkü müzenin güneyindeki bölümün inşası tamamlanmış ve eserler sergilenmeye başlanmıştır. Birkaç salondan oluşan müze, her yıl kazılar sırasında ortaya çıkarılan eserler için yeterli gelmediğinden 1976 yılında müzenin güney bölümü inşa edilmiş, sergi alanları genişletilmiştir. Selçuk-Efes Müzesi sahip olduğu ve sergilediği yalnızca yerel eserlerle Avrupa’nın en önemli ve en zengin müzesi durumundadır.

Bugün büyük bölümü Efes kazıları, St. John Kilisesi, Belevi Mezar Anıtı ve yakın çevredeki diğer ören yerlerinden getirilen, Efes ve Anadolu arkeolojisi için çok önemli eserleri ile zengin bir yerel müzedir. Miken, Arkaik, Hellenistik, Roma, Bizans ve Türk devirlerine ait eserler içinde çoğunluğu Hellenistik, Roma ve Bizans devri eserleri oluşturur.